Важнейшим проблемным вопросом, сдерживающим развитие рынка малоэтажного жилья является очень высокая конкурентноспособность на общероссийском рынке жилья кластера инвестиционных компаний по многоэтажному строительству и высокий уровень лоббирования их интересов на всех уровнях управления экономикой. Градостроительное доминирование концепции многоэтажного строительства в городах привело к разработке и закреплении в документах территориального планирования, выделении приоритетных функциональных и территориальных зон многоэтажного строительства в генеральных планах застройки населенных пунктов, правилах землепользования и застройки, а также создании соответствующего земельного рынка. Высокая плотность многоэтажного строительства в сочетании с традиционно высоким спросом обеспечивает для бизнеса более высокий уровень доходов на сопоставимых по площади участках застройки. Более высокая инвестиционная привлекательность площадок под многоэтажную застройку делает развивающийся бизнес-кластер малоэтажного строительства менее конкурентноспособным по сравнению с традициционно работающими компаниями.

Другой проблемой развития МЖС является высокая стоимость земельных участков под строительство малоэтажного жилья, особенно вблизи крупных городов, которая способна составить до половины себестоимости строительства. Земельные рынки, предшествующие строительному процессу в малоэтажном домостроении преимущественно не отражают объявленный приоритет малоэтажного строительства. Предлагаемые сейчас к застройке земельные участки под комплексную малоэтажную застройку, а также индивидуальное жилищное строительство, в большинстве своем, являются инвестиционно не привлекательными из-за высокой стоимости затрат на выполнение технических условий по подключению внешних инженерных сетей или большой стоимости платы за подключение.